Kurikulum

Kurikulum yang diterapkan di SMP Islam terpadu adalah kurikulum Dinas Pendidikan Nasional dengan ruh keislaman yang terimplementasikan dalam proses kegiatan belajar mengajar, ditambah dengan muatan materi kepesantrenan yang merupakan ciri khas sekolah Islam Terpadu. Kurikulum Nasional yang dimaksud mencakup kurikulum 1994 (suplemen 1999), kurikulum 2004 (Kurikulum Berbasis Kompetensi) dan sekarang mengembangkan Kurikulum 2006 (Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan). Perbedaan kurikulum ini juga tampak pada penggunaan istilah kelas.
Dengan ditambahnya muatan materi kepesantrenan ini diharapkan pengetahuan dan keterampilan siswa (baik dari sisi teori maupun praktik) dapat lebih optimal, sehingga tujuan pendidikan dapat tercapai secara lebih baik. Perbedaan struktur nasional yang diterapkan di sekolah lain dengan kurikulum yang diterapkan di SMP Islam Terpadu Abu Bakar Yogyakarta dapat dilihat pada tabel berikut